人類を捕食する存在、＜深海棲艦＞の出現から17年-
＜深海棲艦＞の人知を超える力に人類は蹂躙され続け、人類の総人口は30億人まで激減
そんな＜深海棲艦＞に対抗する力を持つ＜艦娘＞の出現により、列強諸国は辛うじて沿岸部の制海権を維持していた...

時は西暦2030年-
極東にある海洋国家、大和皇国の横須賀鎮守府に空母の＜艦娘＞が着任する事になる