ある朝、第3新東京市は予期しない停電にみまわれ、都市機能は完全に停止した。ゲンドウと冬月は外部の人間による謀略と判断、マギとセントラルドグマの維持に奔走する。そこへ襲来する第九使徒。危機を察したシンジ達は、必死にネルフ本部へ向かう。そこで待っていたのは、ゲンドウが手動で待機させていたEVAだった。
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