Flash9が動かないFreeBSDでsmilevideoのフォーマットに合わせた動画をエンコードしてみました。オリジナルはscreencasts.ubuntu.comからのOgg theora/vorbis。FreeBSDのmencoderではVP6 2passエンコードが出来なかった(1passは可能)ので、wine上でwin32版mencoderを動かしました。-xvfwoptsのcompdata=dialogオプションはエラーとなるため、vfw2mencで予め1pass,2passの設定ファイルを生成しておく必要があります。仕上げにflvtool2でflvメタデータを書き込みました。Linuxでも同様の手順となるかと思います。