薄暗い部屋の中、鹿目まどかは目覚めた。
いつも通りの朝、通学路の風景は緩やかに流れていく。クラスメイト、学校、変わらない彼女の日常…
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ある日の学校からの帰り道、ささいな事から魔法少女同士の抗争が起きまどかはそれに巻き込まれてしまう。収束を試みる彼女だが対立は激化する一方でついには争いの過程から魔女が産まれてしまう。万策尽きたまどかは単身タンクローリーに乗り込み魔女に車もろとも突っ込むのだった。一人取り残されたほむらは燃え盛る火柱をただ呆然と見つめていた…
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薄暗い部屋の中、鹿目まどかは目覚めた。
いつも通りの朝、通学路の風景は緩やかに流れていく。クラスメイト、学校、変わらない彼女の日常。夢を見ていた…彼女は自分の運命を悟った。