遠坂時臣からクラスカードをもらい、アーチャー・ギルガメッシュを夢幻召喚させて第4次聖杯戦争に従軍していた見滝原の魔法少女・鹿目まどか。だが彼女は戦争も佳境に差し掛かろうとしていたある日、言峰綺礼から聖杯戦争の真実を知らされ、時臣と決別を決意。戦争を影で操っていた言峰に乗り換え、言峰に時臣殺害を命じます。しかし、プリヤの世界ではいわゆるstay nightの時点では娘のカレン・オルテンシアが聖堂教会のシスターになっているため、言峰もこの第4次聖杯戦争にて、ある見滝原の魔法少女に殺されてしまうことになります。そしてエインズワース家に再度陣営を乗り換えて第4次の結末を迎え、10年後の、いよいよ7月9日開始のプリズマ☆イリヤ2wei!へと続くのです。