コロンビア中部沿岸サンヒエロニモ半島。
軍事的な理由から世界地図に正確な地形が記されていない。
スネークイーター作戦から6年後の1970年。
CIAのある特殊部隊が軍の最高機密である新型の兵器を盗み、半島を占拠した。
スネークはかつての上官ゼロ少佐が国家反逆罪で拘束されている事、
スネーク自身が反乱の首謀者であるという容疑がかかっている事、
クーデターを起こした組織がかつて所属していた“FOX”であることを知る。
PWが発売する前までサーガに連なっていた
メタルギアソリッドポータブルオプスの作戦開始です。
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