ザナック(MSX)というゲームを60fpsでキャプチャして30fpsにエンコードすると…
白黒で点滅している自機が真っ黒になってしまうことがあります。白のフレームが抜けて黒だけが残るためです。
(動画の後半でスロー再生にしてわかりやすく説明しています。)
ファミコン等の昔のゲームはスプライトのキャラクターが横に重なると完全に消えて見えなくなってしまうこともあります。
そこで、前後のフレームを合成する(残像を残す)ようにしてエンコードすると自機は点滅しなくなりますが白黒の中間の灰色で表示されるようになります。この方法なら30fpsにしても不自然な色になったりスプライトのキャラクターが消えて見えなくなってしまうというようなこともなくなります。
ニコニコ動画では60fpsで動画を公開していても一般会員や非会員は低画質の30fpsでしか見れない場合があります。おそらく視聴される動画の大半が30fpsに再エンコードされているはずです。
そのため、上記のような対策を取らないと大多数の視聴者に自キャラや敵キャラが表示されてないような不自然な動画を観せてしまうことになります。
※ 追記: あらかじめ 48fps とか 24fps にフレームレートを変換した動画をアップロードしてやれば点滅するキャラクタやエフェクトが見えなくなるような現象を回避できるかもしれません。