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#00:00- タイトル
#02:21- ファイル&キャラセレクト
#03:10- 語りイントロ~オープニング1
#04:15- オープニング2
#05:37- オープニング3
#06:19- 章タイトル
#06:25- 開廷~遠山金衛門のテーマ
#07:28- 地下牢
#08:26- 地下洞窟
#10:28- 醤油屋
#11:44- はぐれ町・夜
#13:16- アイテム入手
#13:22- 徳太郎のテーマ
#14:44- おみつのテーマ
#16:10- 茶店
#17:01- ほろほろ寺・境内
#18:09- ほろほろ寺・内部
#19:18- ほろほろ寺・墓地
#20:26- ボス戦1
#21:59- Mr.五右衛門団初登場
#23:08- ボス戦(ショート版)
#24:12- はぐれ町
#26:06- ケンスケのテーマ
#26:55- 民家1
#27:48- 役人出動
#28:25- 風呂屋・宿屋
#29:10- お風呂
#30:01- 万屋・飯屋
#30:43- おやすみBaby...
#31:48- 章クリア
#31:59- 語り~新章
#32:51- 東海道中・春
#34:22- かも兵、ねぎ作のテーマ
#35:23- 天狗教の村
#37:04- 占い屋
#38:30- 道場)
#39:11- 壺職人の家
#39:40- 壺造り(通常)~壺造り(急げ!)
#41:26- 天狗教本部
#42:48- 天狗教本部・牢屋
#44:50- 洞窟
#47:31- インパクト戦・天狗岩
#48:31- 神奈川・事件解決後
#49:56- 助六戦
#50:43- 物知り爺さんのテーマ
#51:21- 東海道中・夏
#53:00- Mr.五右衛門団のテーマ
#54:08- 由比忍び村
#55:38- 長老の家
#57:33- 原の城
#58:55- ぺるり提督のテーマ
#59:41- インパクト戦・ダイチャンコ
#61:28- お祭り村
#62:44- 盆踊り
#60:35- 提灯魔人戦
#64:10- 金谷の村