企画は『ダンバイン』の放映時から始まっている。間に『エルガイム』の放映期間を挟むので、テレビアニメとしてはかなりの準備期間があった。ところがこのように長い準備期間にも関わらずΖガンダムはその複雑なデザインや変形機構のため、デザイン決定や商品化が遅れた。このためΖガンダムの登場は第3クールにスケジュール変更された。Ζが登場するまでの2クールの主人公MSをどうするかが問題になり、「MSV(モビルスーツバリエーション)」の流れを取り入れることが提案され、MSVのフルアーマーガンダムとヘビーガンダムのような「強化されたガンダム」をコンセプトとしたガンダムMk-IIが主人公機になった。