ペンギン帝国ではダイミダラー打倒の為、孝一と同様にファクターであったリッツの協力を得て、対ダイミダラー用のペンギンコマンドを作り出そうとしていた。
数多くの失敗を重ねつつ、ついに完成するHi-ERoペンギン「コマンダーシックス」。シックスの駆る南極10号が一時ダイミダラーを圧倒するものの、かろうじて食い止めた孝一と恭子。
暴走したまま行方不明になったシックスを捜索するペンギンコマンド達。同じ頃、入院中の父の見舞う恭子は、その帰り道の海辺の公園で不思議な青年と出会う。
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