フェストゥムに追われる人類軍輸送機救援のため、ファフナーの出撃が決まった。2年ぶりの戦争。だが、広登たちは気負う事なく、笑顔を見せながらファフナーに乗りこんだ。
敵はスフィンクス型1体。ファフナーは、広登、里奈、暉、芹、そして真矢の5機。優勢に戦闘を進めるファフナー部隊だが、経験を積んだ敵は新たな戦い方を学び、仕掛けてくる。優勢だった戦いも、やがて劣勢へと追い込まれてゆく。島のパイロットたちは見た事もない敵の戦法に戸惑う。
そこへ、思いがけない増援が合流。広登たちを援護しはじめた……!
脚本:冲方 丁 コンテ:実原 登 演出:髙橋 秀弥 キャラクター作画監督:白井 瑶子 メカニック作画監督:古川 信之 メカニック総作画監督:大浪 太
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