メガトロンは戦艦ネメシスの修復のためにダークエネルゴンを使う。その結果ネメシスは意思をもつようになる。強力になったネメシスのビームによってオートボットたちは機能停止状態にされてしまう。独自にアイアコン・データベースを高速で解読し始めたネメシスは、邪魔なメガトロンたちも機能停止にしてしまう。ジャック、ミコ、ラフはファウラーとともにネメシスに潜入し、解読済みのデータをダウンロードする。データの座標のひとつはニューヨークを示していた。そしてネメシスが一直線に向かっているのもニューヨークだった。それはニューヨークの人々が危険にさらされていることを示していた。
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