ジャック、ミコ、ラフの3人は護衛係のアーシー、バルクヘッド、バンブルビーと共にオートボットの基地に戻る。クリフジャンパーの体に付着していた物質がダークエネルゴンと確信したオプティマスプライムは、ラチェットを連れて偵察に出かける。アーシーとバンブルビーもパトロールに行ってしまい、基地にはバルクヘッドと子供たちが残される。そこへファウラー捜査官からSOSが届く。ファウラーは基地から戻る途中でディセプティコンにさらわれていたのだ。バルクヘッドが子供たちを残して捜索に出るが、ミコがこっそりついていったため、ディセプティコンに攻撃される。一方、ファウラー捜査官をとらえたスタースクリームは、拷問してオートボットの基地の場所を吐かせようとする。オプティマスプライムとラチェットは、先の大戦で死んだトランスフォーマーたちが眠る古戦場を発見。そこにメガトロンが現れ、ダークエネルゴンを放って亡霊たちをよみがえらせる。
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