インデックスの「自動書記(ヨハネのペン)」が発動し、九死に一生を得た上条。再び意識不明になったインデックスの傷をふさぐには魔術による治療が必要だった。しかし、超能力を持つ者はその開発の影響により、魔術を使うと全身から血を吹き出し死んでしまうらしい。そこで上条は、超能力を持たない担任教師を頼って月詠小萌のアパートへ向かう。自分の右手に宿る力は、インデックスを救うはずの回復魔術すら解除(ディスペル)してしまう。小萌のアパートの外で待機する上条は、何もできない自分に憤るのだった。そして、小萌を触媒とし何とか回復魔術を成功させたインデックスは、自分の抱える事情──追っ手の魔術結社と自身の魔道書について語り始めた。
上条当麻:阿部 敦/インデックス:井口裕香/御坂美琴:佐藤利奈/神裂火織:伊藤静/ステイル=マグヌス:谷山紀章/土御門元春:勝 杏里/小萌:こやまきみこ/白井黒子:新井里美/アクセラレータ:岡本信彦
原作:鎌池和馬/原作イラスト:灰村キヨタカ(電撃文庫;アスキー・メディアワークス刊)/監督:錦織 博/アニメーションキャラクターデザイン:田中雄一/シリーズ構成:赤星政尚/美術監督:廣瀬義憲/プロップデザイン:岩瀧智/色彩設計:安藤智美/撮影監督:福世晋吾/編集:西山茂/音響監督:蝦名恭範/音楽:I've sound/OPテーマアーティスト:川田まみ(I've) 「PSI-missing」/EDテーマアーティスト:IKU 「Rimless~フチナシノセカイ~」/音響制作:デルファイサウンド/制作:J.C.STAFF
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