イドゥンが支配する人工島から撤収を試みる一騎たちだが、真矢と溝口が島の下層部に取り残されてしまう。直ちにフェンリルを放ち、全てを消し去ろうとする狩谷。しかし、一騎が地上で敵を引き付けている間に、甲洋が海中の脱出ハッチより2人を助け出した。「総士、翔子が守りたかったものが、やっとオレにもわかったよ……」既にフェストムに浸蝕されかけていたマークフィアーは、2人を乗せた潜水艇をマークエルフに手渡して波間に消えていく。だが間一髪、咲良のマークドライが駆けつけ、甲洋の乗ったコクピットを分離・救出することに成功した。そして多数の人員と貴重なファフナー1機を失った作戦から数日後。未だに登校してこない甲洋を見舞うため、真矢と咲良、一騎、剣司、衛にショコラはメディカルセンターを訪れる。隔離病室で一行が見たのは、フェストムに半同化され、植物人間状態となった甲洋の変わり果てた姿だった。
真壁 一騎:石井真/皆城 総士:喜安浩平/遠見 真矢:松本まりか/羽佐間 翔子:松来未祐/春日井 甲洋:入野自由/狩谷 由紀恵:沢海陽子/要 咲良:新井里美/近藤 剣司:白石稔/小楯 衛 :斎賀みつき
原作:XEBEC/企画:大月俊倫、下地志直/文芸統括:冲方丁/ シリーズ構成:山野辺一記/キャラクターデザイン:平井久司/メカ・プロップデザイン:鷲尾直広/色彩設定:関本美津子/音響監督:三間雅文/美術監督:小山俊久/撮影監督:広瀬勝利/3D監督:本間潤樹/モニター設計:中野剛/音楽:斉藤恒芳/プロデューサー:中西豪、千野孝敏、能戸隆/助監督:山岡信一/監督:羽原信義
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