月光号によって無事海上に着水することができたアオとエウレカ。救助を待つ二人の間に穏やかな時間が流れる。やがて、チーム・パイドパイパーがエウレカとアオに接触する。「お久しぶりです。イビチャ・タノヴィッチです」。十年前、イビチャは沖縄でエウレカに会ったことがあった。ではエウレカはどこからきたのか。月光号への調査から、エウレカと月光号は遠未来からやってきた可能性が浮かび上がる。エウレカを狙って日本軍が行動を開始し、その一方でトゥルースもまたエウレカの前に現れる。「お前は俺のものだ」。トゥルースを止めるため戦おうとするアオとニルヴァーシュ。その時、エウレカは…。
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