人型へと進化しつつあるシークレット。その対応に追われるチーム・パイドパイパーだったが、アオの脳裏にはナルとの決別、そしてエウレカの残した「シークレットは敵ではない」との言葉が残り、肉体的にも精神的にも疲労していた。そのころ日本は、シークレットをとらえ、それとコミュニケーションをとる実験を行ったことを公表。それと前後して、クォーツを抜き安定着床したはずのプラントコーラルが世界中で再活性化を始める。いったいスカブコーラルになにが起こっているのか。すべてはエウレカが現れたことが原因なのか。世界各地の光の柱から人型シークレットが現れ、もはやチーム・パイドパイパーだけでは対応できない状況に、アオは次第に追い詰められていく…。
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