鳥取県の伯耆大山では、奈良時代から一貫して続いていた地蔵菩薩信仰が鳥取藩の神社取締役の国学者役人である小谷古陰によって伯耆大山信仰の中心であった大山寺が廃寺にされ、そこに大山はもともと大山祇命の信仰の地であったが出羽の衆徒らが乗り込んできて地蔵信仰を大山祇命と習合させたのだ、という歴史的にありもしなかったストーリーを捏造し、大山寺は廃寺改装され、
新設の大神山神社の一部とされてしまった。
そしてやがて、そこに平田国学派の役人たちが祭神を大国主神に変更するよう建白書を出し、それが通ってしまい、地蔵菩薩信仰の中心地大山寺は大国主を祀る神社となってしまったのである。
琵琶湖に浮かぶ小島、竹生島は、聖武天皇の時代に行基を派遣して仏教の神・弁財天を祀るように命じたことに始まり、その時に創建された宝厳寺が竹生島弁財天大権現を祀り、竹生島弁天信仰の中心となってきた。
しかし、明治政府は、琵琶湖を管理する大津県庁を通じて、強引に宝厳寺を延喜式神名帳にある都久夫須麻神社であると主張し、宝厳寺を廃して神社へ改変してしまった。
宝厳寺側は抗弁したものの受け入れず、朝廷の命令であることを強調して、背けば朝敵になり成敗されると脅迫されて強行した。
金毘羅信仰は、16世紀頃から讃岐の地で真言宗の松尾寺がヒンズー教の水神クンビーラを十一面観音を本尊とする金毘羅権現として祀ったことに始まり、
明治前まで金毘羅信仰は盛んで、全国から金毘羅講の参詣客が訪れ、讃岐の地は「こんぴらさん」で親しまれるようになっていた。
しかし、新政府から派遣された平田派国学者の役人たちは、平田篤胤の著書「玉襷」の総論追加から引用した、琴平はかつて大国主神の別宮であった、という創作話を根拠に、松尾寺を廃し、そこを大国主を祀る神社にするように命令し、松尾寺最後の住職・宥常は、最初は抵抗したものの、結局松尾寺の神社化を受け入れ、松尾寺を改変して金刀比羅神社とし、自ら還俗してその神社の初代宮司となり、仏像仏具を廃棄し、神道化を進めた。
しかし、宥常は、松尾寺にあった本尊の十一面観音像だけはかたくなに死守し、後に旧松尾寺の院の一つだった普門院が新松尾寺となると、この十一面観音像を巡り所属訴訟まで起こることとなった。
かくして、伯耆大山、竹生島、讃岐と、すべてが明治前までお寺であったところが神社にされ、由緒社伝まで捏造されていったのである。